/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aeorestes_cinereus-L.cinereus_Cryan_1219_p1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks23-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allenopithecus_nigroviridis-Allenopithecus_nigroviridis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Allochrocebus_lhoesti-Allochrocebus_lhoesti_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Aonyx_cinereus-Aonyx_cinereus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_forsteri-Arctocephalus_forsteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Arctocephalus_townsendi-Arctocephalus_townsendi_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-GCA_014825515.1_WHU_Ajam_v2_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Artibeus_jamaicensis-WHU_Ajam_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Babyrousa_celebensis-Babyrousa_celebensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_borealis-Balaenoptera_borealis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_edeni-Balaenoptera_edeni_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Balaenoptera_physalus-Balaenoptera_physalus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_astutus-Bassariscus_astutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Alpine_ecotype-Cooinda_HYBRID_SCAFFOLD_NCBI_Nresized_merged_NOT_SCAFFOLDED_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_dingo_Desert_ecotype-sandy.combined.contigs.arrow.purged_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Canis_lupus_familiaris_Basenji-basenji_flye_rx4_medaka_pilon_jf_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Carollia_perspicillata-CarPer_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks23-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cebuella_pygmaea-Cebuella_pygmaea_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cephalorhynchus_commersonii-Cephalorhynchus_commersonii_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks23-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks24-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks25-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks26-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks27-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks28-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks29-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks30-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_campbelli-Cercopithecus_campbelli_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks23-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks24-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks25-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks26-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks27-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_mitis-Cercopithecus_mitis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_nictitans-Cercopithecus_nictitans_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cercopithecus_pogonias-Cercopithecus_pogonias_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Chlorocebus_pygerythrus-Chlorocebus_pygerythrus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Colobus_angolensis-Cang.pa_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Connochaetes_taurinus-BWD_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Corynorhinus_rafinesquii-Corynorhinus_rafinesquii_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetomys_ansorgei-Cricetomys_ansorgei_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cricetulus_griseus-CriGri-PICR_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Crocuta_crocuta-Crocuta_crocuta_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Cryptoprocta_ferox-Cryptoprocta_ferox_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_hallucatus-Dasyurus_hallucatus_10X_01_style3pseudohapfull_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dasyurus_viverrinus-Dasyurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Daubentonia_madagascariensis-Daubentonia_madagascariensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Delphinus_delphis-Delphinus_delphisi_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks23-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks24-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks25-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks26-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks27-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks28-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks29-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks30-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks31-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks32-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks33-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks34-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks35-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Dendrolagus_matschiei-Dendrolagus_matschiei_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eidolon_dupreanum-Eidolon_dupreanum_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks23-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks24-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Elephas_maximus-Elephas_maximus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eptesicus_fuscus-EptFus1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_quagga_boehmi-Equus_quagga_boehmi_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Equus_zebra-Equus_zebra_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erethizon_dorsatum-GSC_porc_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erignathus_barbatus-Erignathus_barbatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Erythrocebus_patas-Erythrocebus_patas_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eschrichtius_robustus-Eschrichtius_robustus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_australis-RWref_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eubalaena_glacialis-Eubalaena_glacialis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_collaris-Eulemur_collaris_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks23-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_macaco-Eulemur_macaco_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Eulemur_mongoz-Eulemur_mongoz_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Felis_nigripes-Felis_nigripes_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Globicephala_melas-ASM654740v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Gymnobelideus_leadbeateri-LBP_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Halichoerus_grypus-Halichoerus_grypus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Helarctos_malayanus-Helarctos_malayanus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Heterocephalus_glaber-HetGla_female_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydrochoerus_hydrochaeris-Hydrochoerus_hydrochaeris_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks23-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks24-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hydromys_chrysogaster-Hydromys_chrysogasteri_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks23-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Hylobates_agilis-Hylobates_agilis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagenorhynchus_acutus-Lagenorhynchus_acutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lagorchestes_hirsutus-Lagorchestes_hirsutus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lama_glama-Lama_glama_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lasiurus_seminolus-Lasiurus_seminolus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks23-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks24-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks25-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks26-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks27-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks28-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks29-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_chrysomelas-Leontopithecus_chrysomelasi_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leontopithecus_rosalia-Leontopithecus_rosalia_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leopardus_tigrinus-Leopardus_tigrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Leptonychotes_weddelli-Leptonychotes_weddellii_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks23-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Litocranius_walleri-GRK_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lontra_canadensis-GSC_riverotter_1.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Loxodonta_africana-Loxafr3.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Lutra_lutra-mLutLut1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macaca_fuscata-Macaca_fuscata_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks23-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks24-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks25-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks26-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks27-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks28-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks29-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks30-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks31-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks32-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks33-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Macropus_rufogriseus-Macropus_rufogriseus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_flavigula-mfla.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_foina-mfoi.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_martes-mmar.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Martes_zibellina-mzib.min_150.pseudohap2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mastacomys_fuscus-Mastacomys_fuscus_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Megaptera_novaeangliae-Megaptera_novaeangliae_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks23-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_libycus-Meriones_libycusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-ASM813125v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Meriones_unguiculatus-GCA_008131255.1_ASM813125v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mesocricetus_auratus-golden_hamster_wtdbg2.shortReadsPolished_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_agrestis-GCA_001305995.1_ASM130599v1_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_mexicanus-Microtus_mexicanus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Microtus_oregoni-GCA_018167655.1_Mior012_genomic_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks23-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Miopithecus_talapoin-Miopithecus_talapoin_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mungos_mungo-Mungos_mungo_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_muntjak-CMJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Muntiacus_reevesi-CIJ_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_erminea-Mustela_erminea_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nigripes-musNig1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks25-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Mustela_nivalis-Mustela_nivalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks23-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks24-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks25-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks26-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks27-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks28-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myodes_rutilus-Myodes_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_lucifugus-Myoluc2.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_septentrionalis-myse_ont_racon_pilon_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks23-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myotis_yumanensis-Myotis_yumanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecobius_fasciatus-Myrmecobius_fasciatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Myrmecophaga_tridactyla-Myrmecophaga_tridactyla_M3023_MaSuRCA_24_10_19_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Nanger_dama_ruficolis-gazelle.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks23-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks24-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks25-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks26-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks27-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks28-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks29-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks30-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotoma_phenax-Neotoma_phenax_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Neotomodon_alstoni-Neotomodon_alstoni_10x_v13_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks23-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks24-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks25-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks26-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks27-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks28-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks29-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks30-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks31-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks32-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks33-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks34-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks35-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks36-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks37-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Notamacropus_irma-Notamacropus_irmai_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Odocoileus_hemionus-Odocoileus_hemionus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Onychomys_leucogaster-Onychomys_leucogaster_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Oryx_dammah-oryx.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otocyon_megalotis-Otocyon_megalotis_TS305_17_09_2019_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Otolemur_crassicaudatus-Otolemur_crassicaudatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks23-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Ovis_canadensis-GCA_004026945.1_OviCan_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_leo_krugeri-Panthera_leo_krugeri_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_onca-Panthera_onca_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Panthera_uncia-Panthera_uncia_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Papio_papio-Papio_papio_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peponocephala_electra-Peponocephala_electra_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Perognathus_longimembris_pacificus-PPM_HiRise_rh_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_crinitus-pecr10X_v2_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks28-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks29-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks30-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks31-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks32-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks33-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks34-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_difficilis-Peromyscus_difficilis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks23-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks24-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_eremicus-Peer1.6.0_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Peromyscus_nasutus-Peromyscus_nasutus_10x_v1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascogale_tapoatafa_wambenger-Phascogale_tapoatafa_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phascolarctos_cinereus-phaCin_unsw_v4.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phataginus_tricuspis-Jaziri_pseudohap2_scaffolds_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phoca_largha-Phoca_largha_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Phocoena_phocoena-Phocoena_phocoena_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks23-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks24-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks25-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pithecia_pithecia-Pithecia_pithecia_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Potorous_gilbertii-Potorous_gilbertii_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_bengalensis-PriBen1.0.updated_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Prionailurus_viverrinus-Prionailurus_viverrinus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudocheirus_occidentalis-Pseudocheirus_occidentalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_corinnae-Pseudochirops_corinnae_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudochirops_cupreus-Pseudochirops_cupreus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_desertor-Pseudomys_desertor_wtdbg2_polished_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pseudomys_fumeus-Pseudomys_fumeusi_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteronura_brasiliensis-Pteronura_brasiliensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_giganteus-Ma_sr-lr_union100_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rodricensis-Pteropus_rodricensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Pteropus_rufus-Pteropus_rufus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Puma_yagouaroundi-jaguarundi_pseudohap2.1.filtered_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks23-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks24-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rangifer_tarandus-RanTarSib_v1_BIUU_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Rhinoceros_unicornis-Rhinoceros_unicornis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Romerolagus_diazi-Romerolagus_diazi_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sarcophilus_harrisii-Devil_ref_v7.0_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sigmodon_hispidus-GCA_004025045.1_SigHis_v1_BIUU_genomic_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sminthopsis_crassicaudata-Sminthopsis_crassicaudata_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Spilogale_interrupta-polished_2_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_attenuata-Stenella_attenuata_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_frontalis-Stenella_frontalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Stenella_longirostris_orientalis-Stenella_longirostris_orientalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Steno_bredanensis-Steno_bredanensis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_bachmani-Sylvilagus_bachmani_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks23-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks24-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Sylvilagus_transitionalis-Sylvilagus_transitionalis_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks23-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks24-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks25-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Symphalangus_syndactylus-Symphalangus_syndactylus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tamandua_tetradactyla-Tamandua_tetradactyla_M3075_MaSuRCA_1_07_2020_final_genome_scf_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirella_bairdii-Tapirella_bairdii_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_indicus-Tapirus_indicus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks23-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks24-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tapirus_terrestris-Tapirus_terrestris_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Theropithecus_gelada-Theropithecus_gelada_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachops_cirrhosus-Trachops_cirrhosus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks23-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks24-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks25-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks26-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks27-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Trachypithecus_obscurus-Trachypithecus_obscurus_prelim_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tragelaphus_eurycerus_isaaci-barney_pseudo2.1_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Tremarctos_ornatus-Tremarctos_ornatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urocyon_littoralis_catalinae-Urocyon_littoralis_catalinaei_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Uromys_caudimaculatus-Uromys_caudimaculatus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Urva_auropunctata-Urva_auropunctata_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks22-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks23-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks24-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks25-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Varecia_variegata-Varecia_variegata_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks10-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks11-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks12-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks13-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks14-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks15-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks16-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks17-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks18-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks19-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks1-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks20-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks21-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks2-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks3-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks4-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks5-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks6-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks7-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks8-vs-mm10-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr20.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr20.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr21.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr21.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr22.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr22.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 hg38-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-hg38-chrY.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr10.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr10.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr11.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr11.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr12.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr12.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr13.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr13.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr14.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr14.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr15.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr15.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr16.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr16.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr17.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr17.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr18.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr18.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr19.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr19.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr1.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr1.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr2.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr2.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr3.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr3.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr4.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr4.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr5.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr5.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr6.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr6.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr7.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr7.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr8.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr8.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chr9.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chr9.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrM.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrM.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrX.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrX.maf
/oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/lastz-1.04.00-32/bin/lastz_32 mm10-chrY.fa Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9.fa --ambiguous=iupac --format=maf > Xerus_rutilus-Xerus_rutilus_HiC/chunks9-vs-mm10-chrY.maf